DOKI
Na samym początku Snake dopływa do doków. Kiedy tylko otrzymasz kontrolę nad postacią, połóż się (X) i przejdź pod rurą. Ukryj się w rogu i kiedy przejdzie obok ciebie strażnik, szybko przebiegnij w prawy dolny róg - znajdziesz tam rację. Następnie patrząc na radar ustal jakie ścieżki mają strażnicy i w odpowiednim momencie podbiegnij do windy znajdującej się w górnej części ekranu. Połączy się z tobą Cambell i powie, że musisz poczekać, aż winda zjedzie na dół. Ukryj się w prawym górnym rogu planszy - znajdziesz tam kolejną rację - i gdy winda zjedzie na dół, poczekaj, aż terrorysta wyjdzie ze środka. Wtedy tylko szybko to wykorzystaj i wbiegnij do środka.

LĄDOWISKO HELIKOPTERÓW
Jak tylko przyjedziesz na górę, Snake będzie świadkiem, jak odlatuje Hind-D. Następnie skontaktuje się z tobą Cambell i przedstawi Mei Ling (kontaktując się z nią pod częstotliwość 140.96 możesz zapisywać stan gry). Wyjaśni ci ona zasady działania radaru. Następnie odda głos Cambellowi i Naomi Hunter. Twoim zadaniem jest w tej chwili dostać się do bazy, jednak główne wejście jest naprawdę porządnie strzeżone i na pewno nie uda ci się prześliznąć. Musisz dostać się do szybu wentylacyjnego znajdującego się na piętrze. Pobiegnij w prawo i przejdź obok zbiorników z powietrzem, gdzie znajdziesz kolejną rację. Uważaj, bo tą okolicę patroluje jeden strażnik. Na górze obok ostatniego pojemnika znajduje się kamera, która zaalarmuje strażników, jeśli cię zauważy. Szybko podbiegnij i wejdź do ciężarówki. W środku znajdziesz Socoma ukrytego za pudłem. Będziesz teraz w stanie zabić każdego strażnika, który cię zobaczy. Wejdź po schodach prześlizgując się koło kamery. Następnie przylgnij za rogiem do ściany i kiedy strażnik sobie pójdzie, udaj się za nim, aż dojdziesz do małej dziury w ścianie przy podłodze. Przykucnij i wejdź do środka.

HANGAR CZOŁGÓW
Podczas przeczołgiwania się przez tunel do Snake zadzwoni Master Miller (Codec: 141.80). Chwilę pogadają i będziesz mógł iść dalej. Musisz być bardzo ostrożny, kiedy dojdziesz do końca, ponieważ twój radar nie działa w odizolowanych pomieszczeniach, a w pomieszczeniu, do którego musisz się dostać jest dwóch strażników. Poczekaj, aż zobaczysz strażnika przechodzącego pod szybem, szybko zejdź na dół i biegnij do dolnej części pomieszczenia. Cambell zadzwoni i powie ci o windzie. Zignoruj go na razie, ponieważ na tym piętrze jest jeden przedmiot, który powinieneś zdobyć. Okrąż pomieszczenie, aż dojdziesz do schodów po lewej stronie pomieszczenia. Wejdź po schodach i poczekaj, aż kamera obróci się tak, żebyś nie znalazł się w jej zasięgu. Musisz prześlizgnąć się pod murem, kiedy kamera będzie w ruchu. Przebiegnij pomostem na prawą stronę, gdzie niedaleko zejścia z szybu jest mały pokoik. Wejdź do niego i uważając na kamerę podbiegnij pod przeciwległą ścianę, gdzie znajdziesz Thermal Goggles (Gogle Termiczne). Omijając kamery i strażników, wróć na parter i wciśnij guzik od windy. Następnie schowaj się pod za rogiem pod schodami i poczekaj, aż zjedzie winda. Szybko wbiegnij do środka i wciśnij B1.

WIĘZIENIE
Kiedy wejdziesz do więzienia, połączy się z tobą Mei Ling i powie, że szef organizacji DARPA został wykryty na tym poziomie przez radar. Niestety jest szczelnie zamknięty w jednej z cel i musisz odnaleźć jakąś okrężną drogę. Pobiegnij w dół korytarza i na końcu zakręć w lewo. Znajdziesz tam drabinę prowadzącą do szybu wentylacyjnego. Połączy się z tobą Cambell i poinstruuje cię jak korzystać z szybów. Wejdź na górę. Po drodze znajdziesz naboje do Socoma, możesz podejrzeć strażnika na kiblu, dalej możesz zobaczyć ćwiczącą Meryl i na samym końcu znajdziesz szefa DARPA. Szef opowie wiele rzeczy Snake'owi i między innymi informacje o Metal Gear Rexie. W czasie rozmowy Meryl ją podsłucha i zaplanuje własną ucieczkę. Pod koniec sceny Szef dostanie nagłego zawału serca i padnie martwy na ziemię oddając przed śmiercią Snake'owi L1 Keycard. Kiedy znów uzyskasz kontrolę nad postacią, usłyszysz jakieś szmery na zewnątrz. Pod łóżkiem możesz znaleźć rację. Jak tylko drzwi się otworzą wyjdź, a staniesz na celowniku bardzo nerwowego "strażnika". Po krótkiej konfrontacji do pokoju wbiegnie grupa żołnierzy i zacznie do was strzelać. Zacznij do nich strzelać z Socoma zdejmując kolejnych wbiegających strażników. Kiedy do pokoju wlecą granaty, przylgnij do jednej ze ścian obok drzwi, aby uniknąć obrażeń od wybuchu. Kiedy atak się zakończy wybiegnij przez drzwi. W tej chwili Meryl szybko ucieknie do windy. Jedyne drzwi, które możesz otworzyć za pomocą swojego klucza, to te, z których właśnie wyszedłeś. Jedyne co tam możesz znaleźć, to amunicja. Wejdź do windy i naciśnij B2.

ZBROJOWNIA
W tej planszy po raz pierwszy przydadzą się Gogle Termiczne. W niektórych korytarzach znajdują się zapadnie, na których wejście równe jest śmierci. Załóż Gogle, a będziesz mógł je zobaczyć. Jako podręczny przedmiot użyj L1 Keycard i wejdź do górnego-środkowego pomieszczenia. W środku znajdują się dwie skrzynki C4. W dolnym-środkowym znajdziesz naboje do Socoma. C4 możesz podłożyć w tym pomieszczeniu w trzech miejscach. Na lewo i na prawo od windy są dwa, gdzie znajdziesz naboje (w jednym z nich są dwie zapadnie). Trzecie miejsce znajduje się w lewym dolnym rogu pomieszczenia. Znajduje się tam korytarz.

ZBROJOWNIA STH
W tym pomieszczeniu musisz wysadzić jeszcze dwie ściany. Pierwsza jest na prawej ścianie przy końcu korytarza, a druga na górnej ścianie w korytarzu, który właśnie odkryłeś. Kiedy wejdziesz przez ostatnio wysadzoną dziurę, znajdziesz Kennetha Bakera przywiązanego do takiej ogromnej ilości C4. Spotkasz również pierwszego bossa w grze - Revolver Ocelota. Walka nie jest jakaś strasznie trudna, jednak wymaga od ciebie pewnej strategii. Na górze ekranu widzisz swoją energię, energię Ocelota, magazynek Ocelota i energię Bakera. Musisz zabić Ocelota, jednocześnie ochraniając Bakera. Żeby go zabić biegaj za Ocelotem dookoła pokoju i strzelaj jednym nabojem (większa ilość będzie marnotrawstwem, gdyż po jednym strzale Ocelot, będzie nieśmiertelny na kilka sekund), kiedy będziesz miał czystą pozycję do strzału. Także patrz na magazynek Ocelota, gdyż kiedy skończą mu się naboje, będzie musiał przeładować i będzie przez kilka sekund bezbronny. Jeśli skończy ci się amunicja, to w pokoju są trzy pojemniki z nabojami. Kiedy Ocelot padnie, w pokoju pojawi się Ninja i odetnie jego rękę z bronią. Po tym Baker będzie wolny i da ci L2 Keycard, a następnie umrze zupełnie tak samo jak szef DARPA. Drzwi w górnej części pomieszczenia są ciągle dla ciebie zamknięte, więc wróć drogą, którą przyszedłeś. Będziesz mógł otworzyć kilka nowych pokoi w Zbrojowni. W lewym-dolnym znajdują się granaty. W prawym-dolnym znajduje się karabin FA-MAS i naboje do niego (załóż Gogle i przeczołgaj się pod dwiema wiązkami lasera). Wejdź do windy omijając po drodze dwóch nowych strażników. Wróć na pierwsze piętro i biegnij pod prawą ścianę. Wejdź przez drzwi i zabierz Socom Supressor (tłumik), który jest strzeżony przez śpiącego strażnika. Możesz go ogłuszyć Stun Grenade lub udusić go od tyłu. Tak jak powiedział ci Baker, z tyłu twojego pudełka od CD jest nr Codeca. Ten numer to 140.15 i pozwala ci się skontaktować z Meryl. Po krótkiej rozmowie, Meryl powie ci, że otworzy dla ciebie ogromne drzwi na zewnątrz. W międzyczasie możesz wejść po schodach i otworzyć drzwi po lewej stronie. W środku znajdziesz trochę Chaff Grenades oraz Cardboard Box A. Kiedy drzwi będą już otwarte, wejdź do środka, załóż Gogle Termiczne i omiń liczne ruchome wiązki lasera. Jeśli któryś cię dotknie drzwi zostaną zamknięte, a do pokoju zostanie wpuszczony gaz, a ty zginiesz. Poczekaj aż laser będzie przesuwał się w górę, a wtedy przejdź pod nim. Kiedy dojdziesz na drugą stronę użyj L2 Keycard na drzwiach na końcu pomieszczenia.

KANION
Załóż Gogle, aby zobaczyć i ominąć miny. Biegnij przed siebie wzdłuż lewej ściany. W połowie drogi zobaczysz scenkę, który przedstawi ci kolejnego bossa - Valcan Ravena w czołgu. Ta walka potrafi być naprawdę upierdliwa, jeśli nie zabrałeś granatów Chaff. Schowaj się za jakąś osłoną i rzuć w czołg granatem Chaff, aby zablokować sensory czołgu, a tym samym jego lufę. Wtedy szybko podbiegnij do czołgu i rzuć w jego centralną część zwykłym granatem. Po 4-5 granatach obaj żołnierze siedzący w środku powinni być martwi, a ty dostaniesz L3 Keycard. Użyj jej na drzwiach w górnej części kanionu.

BUDYNEK GŁOWIC NUKLEARNYCH
Pobiegnij w lewo po pomoście, a znajdziesz rację (teraz możesz nosić przy sobie trzy). Następnie wróć na dół i przeczołgaj się pod drzwiami w górnej części planszy. W środku jest wielu strażników do ominięcia, a ty nie możesz używać broni, ponieważ są tu rakiety nuklearne. Biegnij dolną częścią pomieszczenia na lewo i wejdź po schodach. Na górze jest jeden strażnik patrolujący pomost w okolicach windy. Żeby uniknąć jego wzroku możesz przykucnąć w połowie schodów. Kiedy już sobie pójdzie wezwij windę i zjedź na poziom B1. Wejdź do pokoju dokładnie na przeciwko windy. Uważnie przyjrzyj się ruchom strażników. Twoim celem są środkowe drzwi po prawej stronie - w środku znajdziesz wyrzutnię rakiet Nikita i trochę amunicji. Wezwij ponownie windę i zjedź na poziom B2. Pomieszczenie za drzwiami wypełnione jest gazem, a podłoga jest pod prądem. Wystrzel rakietę i przejdź do trybu FPP (trzymaj Trójkąt). Przy ścianie skręć w prawo, przeleć przez biuro, a następnie przez dwie pary szklanych drzwi. Zakręć ostro w prawo i wleć do małego pokoju. Wtedy zakręć w lewo i wysadź generator prądu. Kiedy już go wysadzisz, możesz spokojnie iść przed siebie. W pierwszych drzwiach po prawo jest racja, a w trzecich maska gazowa strzeżona przez kamerę. Na rozwidleniu skręć w prawo, gdzie spotkasz Ninję. Na samym początku schowaj broń, ponieważ jest to walka na gołe pięści. Po kilku twoich ciosach Ninja zwiększy liczbę swoich ataków oraz zacznie używać swojego specjalnego ciosu - kop z wyskoku, który jest dosyć łatwy do uniknięcia. Po kilku kolejnych ciosach zacznie biegać niewidzialny po pomieszczeniu i atakować z zaskoczenia. Aby go zobaczyć załóż Gogle Termiczne. Po następnych ciosach zacznie się teleportować do różnych miejsc w pokoju, a potem atakować. Następnie będzie się teleportował niedaleko ciebie, na chwilę zatrzymywał i atakował potężnym ciosem. Odskocz na bok i szybko mu oddaj. Kiedy już będzie prawie martwy, będzie chodził dookoła pokoju, a z jego ciała będą lecieć iskry. Kiedy to nastąpi, szybko wyjmij Socoma lub FA-MAS i zacznij do niego strzelać. Kiedy pokonasz Ninję, Snake spotka Otacona, który po bardzo długiej opowieści zaoferuje mu swoją pomoc (Codec: 141.12) i da ci L4 Keycard. Wróć do windy i pojedź na poziom B1. Ukryj się za kolumną po prawej stronie pokoju (koło damskiej toalety) i poczekaj, aż strażnik wejdzie do środka. Szybko wejdź za nim. W środku okaże się, że jest to Meryl, która po krótkiej rozmowie da ci L5 Keycard. Udaj się do pokoju na końcu korytarza po lewo od windy.

POKÓJ DOWÓDCY
Tuż przed drzwiami Meryl zacznie się dziwnie zachowywać. Kiedy tylko wejdziesz do środka, okaże się, że jest to sprawka Psycho Mantisa - kolejnego bossa, który ma bardzo silne zdolności psychokinetyczne. Na początku walki Meryl trafi pod umysłową kontrolę Psycho Mantisa. Szybko schowaj broń i kilkoma ciosami gołymi pięściami powal ją na ziemię (nie wolno ci jej zabić). Mantis potrafi czytać w twoich myślach i dlatego wie, który przycisk na padzie chcesz nacisnąć i w ten sposób unikać twoich ciosów. Aby móc go trafić, przełącz pada pod drugie wejście w konsoli i teraz kontynuuj walkę. Kiedy Mantis zacznie rzucać przedmiotami po pokoju szybko padnij na brzuch i poczekaj aż skończy. Wtedy szybko się podnieś i zacznij do niego strzelać z FA-MASa. Po pewnym czasie Mantis znów zyska kontrolę na Meryl i znów musisz ją znokautować. Natychmiast po tym jak to zrobisz Mantis znowu przejmie nad nią kontrolę i spowoduje, że przyłoży sobie pistolet do głowy. Musisz jak najszybciej ją znokautować, albo sama się zabije. Kiedy już to zrobisz dalej kontynuuj walkę, aż Psycho Mantis padnie na ziemię. Teraz Snake i Meryl będą przez jakiś czas podróżować razem. Musisz przejść przez krótki kompleks jaskiń, w których roi się od wilków. Użyj Gogli Termicznych, aby jak najszybciej przejść przez jaskinię unikając po drodze psów. Na końcu spotkasz Meryl i przejdziecie do podziemnego przejścia.

PODZIEMNE PRZEJŚCIE
Na początku Meryl powie, że teren jest zaminowany, a ona zna bezpieczną drogę. Przejdź po jej śladach na drugą stronę. Po krótkiej scenie Meryl zostanie postrzelona przez snajpera - Sniper Wolfa. Niestety Snake nie ma w swoim arsenale snajperki, ale może ją zdobyć w bardzo łatwy sposób. Wystarczy wrócić do Zbrojowni i z jednego z pomieszczeń zabrać PSG-1. Kiedy już go zdobędziesz wróć z powrotem. Okaże się, że Meryl gdzieś zniknęła, ale Sniper Wolf wciąż na ciebie czeka. Ukryj się w jednym z górnych rogów kwadratowego pola i przygotuj snajperkę. Zażyj Diazepam i spokojnie wyceluj. Możesz oddać 2-3 strzały za nim Wolf zacznie się ruszać po tarasie. Jeśli skończy ci się amunicja, możesz znaleźć dodatkową po każdej stronie placu. Kiedy już jej energia zejdzie do 0, podbiegnij do tarasu, na którym stała i zabierz amunicję do PSG-1. W połowie drogi zadzwoni do ciebie Mei Ling i zapyta się, czy nie chcesz zapisać stanu gry - zrób to. Podejdź do drzwi w prawym górnym roku. Kiedy się do nich zbliżysz, przybiegną strażnicy z Sniper Wolfem i wezmą cię do niewoli. Kiedy się obudzisz, okaże się, że jesteś podłączony do maszyny tortur sterowanej przez Revolver Ocelota. Od wyniku tortur zależy zakończenie gry:
1. Jeżeli przetrwasz (musisz ciągle naciskać Kółko), obejrzysz dobre zakończenie.
2. Jeżeli się poddasz (wystarczy nacisnąć Select), obejrzysz złe zakończenie.
3. Jeżeli nie przeżyjesz pojawi się Game Over bez możliwości kontynuowania.
Kiedy tortury się skończą Snake obudzi się w celi, z której musisz uciec. Wezwij przez Codec Otacona, który przyniesie ci Ketchup i chusteczkę. I jak tylko strażnik pobiegnie do kibla, zrób jedną z poniższych możliwości:
1. Użyj chusteczki i ketchupu, a Snake położy się na środku celi udając, że jest martwy. Kiedy strażnik wejdzie sprawdzić co się dzieje, szybko wstań i go znokautuj.
2. Schowaj się pod łóżko. Kiedy strażnik wejdzie sprawdzić co się dzieje, szybko wstań i go znokautuj.
Swoje przedmioty znajdziesz w pudełku obok maszyny tortur. Przeszukaj menu przedmiotów i sprawdź, czy nie ma tam bomby. Jeśli jest naciśnij Kółko, a Snake ją wyrzuci. Wyjdź przez drzwi po prawej stronie pokoju. Okaże się, że jesteś w więzieniu, w którym byłeś wcześniej. Poczekaj chwilę i zobacz czy Snake ma katar. Jeśli ma, musisz wrócić do Budynku Głowic Nuklearnych na poziom B1 i zabrać lekarstwo ze środkowych drzwi po prawej stronie. Teraz wróć do miejsca, gdzie walczyłeś ze Sniper Wolfem i przejdź przez drzwi, przy których cię złapano.

WIEŻE KOMUNIKACYJNE
Kiedy wejdziesz do pomieszczenia, zauważy cię kamera nad drzwiami i włączy się alarm. Zabierz stąd linę i Granaty Stun i szybko zacznij biec po schodach zabijając czasami członków pościgu lub rzucając co jakiś czas Granaty Stun. Przy pierwszych drzwiach skontaktuje się z tobą Otacon i powie, że tych drzwi nie da się otworzyć od tej strony, ale zawsze możesz dostać się do drugiej wieży przez dach, więc biegnij dalej na górę. Kiedy dobiegniesz na dach pojawi się Liquid Snake w Hind-D, który wysadzi przejście do drugiej wieży. Teraz szybko umieść w oknie przedmiotów linę i podejdź do barierki. Snake ją przywiąże i zacznie się po niej spuszczać. Musisz zejść na dół unikając po drodze strzałów z helikoptera i gorącej pary z rur. Kiedy już zejdziesz na dół, znajdziesz się przy drzwiach, których nie mogłeś wcześniej otworzyć (możesz na nich użyć C4, ale nie musisz). Wyjmij teraz PSG-1 i połóż się na ziemi. Wyceluj i zabij wszystkich trzech strażników znajdujących się przed tobą. Biegnij przed siebie unikając kolejnych strzałów z helikoptera i skręć w drzwi po lewo, gdzie znajdziesz wyrzutnię rakiet Stinger. Musisz teraz wbiec na górę drugiej wieży. Tym razem jednak nie będziesz się musiał rozprawiać ze strażnikami, tylko z wieżyczkami. Pierwsze piętro ma jedną, drugie ma dwie itd. Najprostszym sposobem na przejście jest rzucanie Granatów Chaff, kiedy zbliżasz się do kolejnego piętra. Kiedy dojdziesz do końca, wyjdź na dach, gdzie czeka cię walka z Liquid Snake'em w jego helikopterze. Uzbrój się w wyrzutnię Stinger i przygotuj się do walki. Głównym atakiem Hind-D jest jego działo, ale możesz go łatwo unikać chowając się za nadbudówkami na dachu. Pomiędzy jego atakami wychylaj się zza rogu i odpalaj rakietę, jak tylko go namierzysz. Po kilku trafieniach Liquid odpali swoją własną rakietę, która uderzy w dolną część mapy. Dalej kontynuuj ataki Stingerem. Kiedy odpali drugą rakietę, będzie to oznaczać, że już nie żyje. Po walce na Codec zadzwoni do ciebie Otacon i powie, że winda w wieży znów działa. Wróć z powrotem do środka i używając Granatów Chaff dojdź do windy. Kiedy już będziesz w windzie zadzwoni do ciebie na Codec Otacon i powie, że winda jest za ciężka i masz prawdopodobnie towarzystwo. Oznacza to krótką walkę z czterema przeciwnikami używającymi kamuflażu. Załóż Gogle Termiczne i rozstrzelaj wszystkich z FA-MASa. Na parterze wyjdź w windy i przebiegnij przez kilka korytarzy używając Granatów Chaff, w miejscach, gdzie są wieżyczki.

ŚNIEŻNE POLE
Idź kawałek przed siebie, a spotkasz kolejnego bossa - po raz drugi Sniper Wolf. Zamiast bawić się PSG-1 ukryj się za górą i uzbrój się w Nikitę i steruj rakietami tak, aby wleciały po schodach i trafiły w Sniper Wolfa. Powtórz ten manewr kilka razy, a Wolf padnie na ziemię. Po walce pojawi się Otacon. Po krótkim filmie odzyskasz kontrolę nad Snake'em. Wejdź przez drzwi na północy i unikając wieżyczek zbiegnij po schodach.

DYSK II

RAFINERIA
Na początek zabij strażnika, a następnie wyjmij Nikitę lub Stingera i odpal dwie rakiety w metalowy blok. Opierając się o lewą ścianę przejdź do schodów. Kiedy zejdziesz po schodach wejdź do górnych drzwi, gdzie znajdziesz kamizelkę kuloodporną. Następnie wróć i wejdź do górnych drzwi - winda towarowa. Naciśnij guzik na tablicy rozdzielczej i zjedź na dół. W pewnym momencie do środka wskoczy trzech strażników, których jak najszybciej zabij. Kiedy winda się zatrzyma wyjdź na zewnątrz i uważając na wieżyczkę pobiegnij w prawo do drugiej windy i zjedź do chłodni.

CHŁODNIA
Zaraz po wejściu czeka cię kolejna walka z bossem - Vulcan Raven uzbrojony w działo obrotowe. Jak tylko uzyskasz kontrolę nad Snake'em, schowaj się za jakąś skrzynią. Teraz zajdź Ravena od tyłu i strzel mu w plecy ze Stingera lub Nikity. Powtórz ten manewr kilka razy, a Vulcan zmieni technikę walki. Zacznie biegać dookoła pokoju i do ciebie strzelać. W tym wypadku zaminuj kilka ścieżek i tylko poczekaj, aż Raven sam się załatwi. Po walce uzyskasz L7 Keycard.

PODZIEMNA BAZA
Kiedy wejdziesz na teren bazy, uważaj na dwie zapadnie znajdujące się na środku korytarzy. W następnym korytarzu na ścianach znajduje się naprawdę dużo wieżyczek. Rzuć Granat Chaff i przebiegnij do północnych drzwi. Kiedy wejdziesz przez te drzwi, Snake po raz pierwszy zobaczy Metal Gear Rexa. Musisz wejść po drabinach na górę (pierwsza znajduje się po prawo od wejścia) i wejdź do pokoju kontrolnego, gdzie możesz użyć kodów PAL. Kiedy się do niego zbliżysz, Snake podsłucha rozmowę Liquid Snake'a z Revolver Ocelotem. Niestety jedna z kamer go zauważy, a karta PAL wyląduje w zbiorniku z wodą poniżej. Zabij strażnika, który został zaalarmowany przez kamerę i wróć na dół pomieszczenia. Wejdź do wody i zabierz kartę. Jednak uważaj, ponieważ:
1. Rani ona Snake'a.
2. Możesz wziąć przez przypadek kolejną bombę.
3. Kartę może zabrać szczur, a wtedy musisz go dogonić i zabić.
Kiedy już ją zdobędziesz wróć do pokoju kontrolnego i użyj jej na pierwszym komputerze. Żeby uruchomić drugi musi najpierw ją schłodzić. Udaj się do chłodni, umieść kartę w okienku inwentarza i poczekaj, aż zmieni kolor na niebieski. Teraz wróć do pokoju kontrolnego i użyj jej na drugim komputerze. Żeby uruchomić ostatni musisz ją ogrzać. Wróć do rafinerii, umieść kartę w okienku inwentarza i poczekaj, aż zmieni kolor na czerwony. Upewnij się, że masz pełną energię, komplet racji i komplet rakiet typu Stinger. Wtedy wróć i odpal trzeci komputer.

FINAŁ
Po użyciu trzeciej karty czeka cię walka z Metal Gear Rexem. Twoim pierwszym celem jest mała antena na jego lewym ramieniu. Wyjmij wyrzutnię rakiet typu Stinger i strzelaj, kiedy tylko będziesz miał możliwość oddania celnego strzału. Kiedy Rex zacznie strzelać do ciebie rakietami, szybko biegnij między jego nogi, gdzie rakiety nie dolecą. Możesz również używać Granatów Chaff w celu zmylenia radaru. Później zacznie strzelać do ciebie z karabinów. Kiedy się to stanie, uciekaj od niego jak najdalej, gdyż będzie chciał zdeptać Snake'a. Kiedy skończy mu się energia, pokaże się krótki przerywnik. Kiedy walka rozpocznie się na nowo, używaj tej samej techniki co poprzednio, tylko tym razem celuj w jego głowę. Kiedy pokonasz Metal Gear Rexa, będziesz musiał stoczyć ostatnią walkę - z Liquid Snake'em na gołe pięści i nie mając do dyspozycji żadnych racji. Obaj macie po tyle samo energii, więc walka jest naprawdę emocjonująca. Żeby go pokonać wyprowadzaj przeciwko niemu trzy ciosowe Combo, a następnie się oddalaj. Mniej więcej po utracie połowy energii zacznie używać specjalnego ataku barkiem. Musisz pamiętać, aby ostatni cios zrzucił go z dachu.

UCIECZKA
Jeśli poddałeś się torturom Meryl zginie, a Snake ucieknie z bazy z Otaconem (dostaniesz od niego Stealth Camouflage). Jeśli przetrwałeś tortury Meryl przeżyje i to ona ucieknie z tobą z bazy (dostaniesz Bandanę). Po pokonaniu Liquid Snake'a twój towarzysz wskoczy do Jeepa, a Snake zajmie się obsługą działa. Musisz zabić wszystkich przeciwników i wysadzić dziurę w ścianie. Po dwóch ucieczkach rozwal dwie barykady, a na drogę wyjedzie Liquid w swoim własnym Jeepie i zacznie do ciebie strzelać. Strzelaj do niego tak długo, aż jego samochód zjedzie ci z drogi, a tobie wreszcie uda się uciec.

  [Sephiroth]