Leżący w centrum okolicy Junon, Fort Condor jest reaktorem Mako, na którego szczycie ogromny Kondor wysiaduje swoje jaja. Fort jest obiektem długiego spory pomiędzy Shinrą, a oddziałami rebeliantów zajmującymi Fort. Shinra, ogarnięty obsesją odnalezienia tajemniczej materii, która według niego leży gdzieś wewnątrz reaktora, wysyła coraz to nowe oddziały w celu zdobycia twierdzy, natomiast rebelianci boją się o życie i jaja niezwykle rzadkiego ptaka. Jeśli chcesz się przyłączyć do walki, udaj się do podnóża góry i porozmawiaj ze strażnikiem strzegącym wejścia. Kiedy zostaniesz wpuszczony porozmawiaj ze starym człowiekiem siedzącym przy stole, który oficjalnie przyjmie Cię w szeregi obrońców. Następnie udaj się po schodach do jego syna przebywającego w bunkrze, który opisze Ci w detalach zasady walki. Zatem do dzieła. Twoje zadanie jest proste: musisz wynająć żołnierzy za pomocą , aby ochronić bunkier na szczycie góry oraz pokonać obce wojska i ich dowódcę (jeśli uda Ci się pokonać wojska wroga przed przybyciem dowódcy również wygrasz). Jeśli uda Ci się wygrać, syn starego człowieka da Ci w nagrodę jakiś przedmiot (Magic Comb, Peace Ring, Megalixir, Superball, Turbo Ether). Jeżeli, któryś z obcych żołnierzy dotrze do bunkra, będziesz musiał walczyć z dowódcą w normalnej walce i nie otrzymasz żadnej nagrody. Mimo że liczba przeciwników rośnie z walki na walkę, strategia pozostaje ta sama: w dolnej części swojego terytorium umieść oddziały atakujące (Attackers i Fighters) oraz dwóch Mechaników (Repairers). Następnie rozpocznij walkę za pomocą i zwolnij tempo rozgrywki do minimum za pomocą L1. Każ wszystkim żołnierzem udać się na sam dół planszy, a mechanikom troszeczkę z tyłu oraz wciskając R1 zwiększ tempo rozgrywki do maksimum. Teraz już tylko pozostaje obserwowanie wydarzeń oraz w razie potrzeby wydanie rozkazów mechanikom. Nowe bitwy będą dostępne prawie po każdej wizycie w nowym mieście. Wartościowe przedmioty będą stawały się dostępne wraz z rozwojem gry (nie musisz co chwila wracać, gdyż nagrody będą na Ciebie czekać. Ostateczna bitwa o Fort Condoer odbędzie się tuż po uratowaniu pociągu pędzącego w kierunku North Corel na Dysku #2. Po niej Kondor się obudzi i odleci, a Ty zdobędziesz Phoenix Summon Materia, a od starego mężczyzny dostaniesz Huge Materię.